常德市疾病预防控制中心的前身是常德市卫生防疫站。1963年创建，当时名为常德地区卫生防疫站，文革中一度被撤并，1972年恢复，1988年地改市后，更名为常德市卫生防疫站；1997年通过全国性等级评审被认定为国家地市级一等卫生防疫站；2003年9月更为现名。
常德市疾病预防控制中心是政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益型事业单位，是卫生局其下的副处级全额拨款事业单位。中心位于常德市朗州路633号，占地面积12133.16平方米，办公场所建筑面积为5800平方米，建有检测检验楼、预防医学门诊楼、体检楼和4栋职工宿舍。现有在编在职人员93人，其中男53人，女37人，正高职称3人，副高职称12人，中级职称26人。中心拥有生物安全柜、液相色谱仪、原子吸收分光光度计等大小仪器设备308台（件），其主要工作职能、工作职责、工作重点是疾病预防控制和公共卫生检测检验。
在50年的风雨历程中，我中心疾控工作者艰苦奋斗，扎实工作，连获佳绩。全市乙类传染病总发病率从1978年开始，已连续26年呈下降趋势；计划免疫经卫生部、世界卫生组织、联合国儿童基金会三次评审，均以最好成绩达标；计划免疫相关疾病均已控制在部颁标准以内，已连续18年无白喉、脊灰病例发生，地方病防治达标，疟疾达基本消除标准。并先后荣获国家级、省级、市级科技成果奖18项，在省级以上专业杂志发表学术论文183篇。
2020年6月，入选湖南省开展新冠病毒核酸检测的医疗卫生机构名单。